Audiitori valimine kuulub äriseadustiku kohaselt osanike koosoleku või üldkoosoleku pädevusse. Audiitori nimetamiseks on vajalik tema kirjalik nõusolek. Audiitorit võib valida konkreetse audiitorkontrolli tegemiseks või teatud tähtajaks.
Kui audiitor on omanike esindajate poolt valitud, siis peab juhatus esitama audiitori andmed äriregistrile. Esitada tuleb ka audiitori nõusolek.
Majandusaasta aruande esitamise käigus läbi ettevõtjaportaali tuleb lisada ka vandeaudiitori aruanne, kui audit või ülevaatus on ettevõttele kohustuslik või kui aruande osas on vaatamata kohustuse puudumisele otsustatud audiitorkontroll teostada. Et vandeaudiitor saaks aruannet ettevõtjaportaalis ise lisada, tuleb ettevõtte poolt anda talle ligipääs.
Ettevõtjaportaalis saab vandeaudiitorit määrata juhatuse liige. Vandeaudiitori lisamiseks tuleb valida „Majandusaasta aruanded“ alamlehelt „Audiitorettevõtja/vandeaudiitori määramise“ osa ning seejärel vajutada „Lisa uus vandeaudiitor/audiitorettevõtja“. Esmalt tuleb sisestada audiitorettevõtja ning seejärel saab valida konkreetse vandeaudiitori. Audiitorite nimede trükkimisel hakkab e-äriregister ise valikuid pakkuma süsteemis olevate audiitorite seast. Pärast audiitorite valimist tuleb andmed salvestada. Seejärel saadetakse vandeaudiitorile e-posti teel teade juurdepääsuõiguse lisamise kohta ning juurdepääsuõigus tuleb vandeaudiitoril kas aktsepteerida või tagasi lükata.
Kui juhatuse liikmed on välismaalased ning nad ei saa audiitorit ettevõtjaportaali kaudu määrata, siis on jätkuvalt võimalus esitada majandusaasta aruanne pdf-formaadis. Selleks tuleb majandusaasta aruanne sisestada ettevõtjaportaalis, seejärel aruanne välja printida ning skaneerida juhatuse liikme allkirjadega aruanne koos vandeaudiitori aruandega üheks failiks.
Vandeaudiitori vahetamisel tuleb eelmise vandeaudiitori juurdepääsuõigus eemaldada. Selleks peab juhatuse liige minema „Vandeaudiitori määramine“ lehele ning vandeaudiitori andmete rea lõpus vajutama lingile „Eemalda“.